三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入池依此顺流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
化粪池维护管理
（一）新池建成确认无渗漏，并养护两周后正式启用。
（二）使用中要控制用水量。
（三）应按照设计周期清理粪皮和粪渣，在粪池内取出的粪渣须经堆肥法或化学法处理后再作肥料，第三池取出的粪水可直接用作肥料。
（四）保持化粪池盖板的密封性，在清渣或取粪水时，不得在池边点灯、吸烟等，以防发酵产生的沼气遇火爆炸。
清理化粪池作业标准：1、化粪池内清理的粪便污水、污渍清运并妥善处理。
2、确保服务范围内所有化粪池粪便污水不外溢。
3、如出现化粪池污水外溢等异常情况，接到通知后须在8小时内到达处理。
4、在清理化粪池的过程中，应当采取相应的防范措施。
清理化粪池作业程序：1.用铁钩打开化粪池的盖板，再用长竹杆(8m)搅散化粪池内杂物结块层。
2.把吸粪车开到工作现场，套好吸粪胶管(5m长，备3条)放入化粪池内。
3.启动吸粪车的开关，吸出粪便直至化粪池内的化粪结块物吸完为止，防止弄脏工作现场和过往行人的衣物。
4.盖好化粪池井盖，用清水冲洗工作现场和所有工具。
5.每年清理一次，一级池清运90%，二级池清运75%，三级池硬的表面全部清运。
6.化粪池清理后，目视井内无积物浮于上面，出入口畅通，保持污水不溢出地面。
7.在化粪池井盖打开后10～15min，人不站在池边，禁止在池边点火或吸烟，以防沼气着火人。
8.人勿下池工作，防止人员中毒或陷入水中。
9.化粪池井盖打开后工作员不能离开现场，清洁完毕后，随手盖好井盖，以防行人掉入井内发生意外。