北京大学第六医院门诊设有普通门诊、专家门诊、特需门诊、中西医结合门诊、神经内科门诊、多专家会诊以满足不同层次、不同问题患者的就诊需求;还设有进食障碍、成瘾行为、睡眠障碍、记忆障碍、行为分析治 疗、精神疾病康复咨询、心理、老年儿童等相关专业门诊，以满足就诊者对专科或特殊方向的咨询和治 疗需求。
2014年10月23日，北京大学第六医院被科技部、国家卫健委和总后勤部卫生部正式认定为国家精神心理疾病临床医学研究中心。由北京大学第六医院牵头并联合北京大学心理与认知科学学院、中国依赖性研究所等共建单位共同组建的国家精神心理疾病临床医学研究中心，旨在针对临床研究瓶颈问题，开拓临床研究创新体系，建立以多目标、多任务研究方案为基础的新型临床研究模式;构建规范化、高质量的协同研究网络和多中心研究平台，开展多中心、大规模、高质量的精神心理疾病临床研究，提高全国精神心理疾病预防、诊断、治 疗和康复的综合服务水平，切实解决临床关键问题。
北大六院于2003年开始建立无抽搐电休克室，经过了十多年的发展，已经成为我院的重点科室之一，迄今为止，已经完成5万人次患者的，取得很好的效果。我院拥有一支具有丰富临床经验的MECT团队，包括：科主任1名，副主任医师1名，主治医师2名，麻醉科医师2名，主管护师2名，护师1名，护士1名。我院拥有世界一 流的仪器设备。
北京大学第六医院的老院（简称“北大六院”）坐落在花园北路，和旁边的北医三院相比，显得十分狭小。然而，这里却是精神专科医院的医院之一，收治来自全国的精神科疑难杂症，也是临床医学生进一步选择精神科专业的学习首府。